Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fouragères (UR P3F) INRAE, RD150, CS 80006 86600 Lusignan, France Tel: (+33) 5 49 55 60 27 Fax: (+33) 5 49 55 60 44 jean-paul.sampoux{a}inrae.fr

Formation

Ingénieur agronome INA Paris-Grignon

Domaines d'intérêts scientifiques

Analyse de la diversité génétique des espèces des prairies

Mes travaux de recherche sur ce thème ont pour finalités l’amélioration des services écosystémiques fournis par les prairies et la préparation de leur adaptation au changement climatique probable des prochaines décennies. Il s’agit de recherches exploratoires essentiellement basées sur les collections du Centre de Ressources Génétiques des Espèces Fourragères et à Gazon, dont je suis responsable et qui est hébergé par l’UR P3F, ainsi que sur les collections d’autres centres de ressources génétiques partenaires de pays européens. Ces recherches concernent principalement la diversité naturelle des espèces des prairies. Elles visent à identifier des ressources génétiques originales adaptées à des conditions environnementales contraignantes, ainsi que des marqueurs génomiques de ces adaptations. J’ai ainsi été coordinateur de 2015 à 2019 du projet européen GrassLandscape (appel d’offres FACCE-JPI ERA-NET+ Climate Smart Agriculture) qui avait pour objectif de combiner des approches de génomique du paysage et de génétique quantitative pour identifier des marqueurs génomiques de l’adaptation au climat dans la diversité naturelle du ray-grass anglais (Lolium perenne L.). Ce projet a permis de réaliser une reconstruction phylogéographique de l’expansion du ray-grass anglais en Europe (Blanco-Pastor et al, 2019), de développer des modèles de prédiction génomique de la diversité phénotypique naturelle de l’espèce (Keep et al, 2020), de mettre en évidence ses stratégies d’adaptation fonctionnelle au climat (Keep et al, 2021a) et le rôle de la diversité intra-population dans l’adaptation à la variabilité temporelle des climats locaux (Keep et al., 2021b) et enfin de proposer une nouvelle méthode de détection de la diversité génomique adaptive combinant données génomiques, phénotypiques et environnementales (Blanco-Pastor et al, 2020). Ces résultats pourront être utilisés pour identifier des régions d’Europe où la diversité naturelle du ray-grass anglais est menacée par le changement climatique et de préparer des stratégies d’adaptation de l’espèce basées sur sa diversité génétique adaptative (Thèse Thomas Keep, 2021). Ils ont également permis d’établir une core-collection représentative de la diversité naturelle du ray-grass anglais en Europe qui pourra être utilisée pour de futurs projets de recherche ou comme ressource pour des programmes de sélection et dont la conservation à long terme a été sécurisée dans le cadre du programme AEGIS du réseau de coopération européen ECPGR (Sampoux et Willner, 2022).  

https://www.inrae.fr/actualites/diversite-genetique-prairies-allie-ladaptation-au-changement-climatique

Vulnérabilité des populations naturelles locales de ray-grass anglais au climat prédit pour la période 2041-2071 (RCP8.5, RCA4) estimée à partir de 633 loci adaptatifs (vulnérabilité croissante des couleurs froides aux couleurs chaudes). Auteur : T Keep.

Plus anciennement, j’ai développé des modèles de niche environnementale de différents taxons du groupe des fétuques à feuilles fines (Festuca rubra et Festuca ovina) (Sampoux et Huyghe, 2009) et indiqué comment de tels modèles pouvaient être utilisés pour améliorer la prospection de sources de diversité naturelle d’espèces végétales et leur gestion en collection (Sampoux et Badeau, 2009). J’ai aussi conduit un projet sur l’analyse de la distribution environnementale et spatiale de la diversité naturelle du ray-grass anglais à l’échelle locale (site de Charente limousine) et sur ses échanges génétiques avec la diversité semée localement (Sampoux et al, 2013a).

Distribution spatiale de la date d’épiaison du ray-grass anglais présent dans les prairies naturelles d’un site de Charente limousine (Genouillac).

Méthodologie de la sélection

Au cours des dernières années, j’ai coordonné une étude théorique sur l’adaptation des méthodes de sélection récurrente pour l’amélioration de la valeur en mélanges d’espèces (WP3 du projet ANR Praise). La culture de mélanges d’espèces est en effet un des leviers importants pour l’amélioration les services écosystémiques des productions agricoles dans le cadre de la transition agroécologique. Ce travail a permis de préciser les meilleures conditions de mise en œuvre de schémas de sélection basés sur des tests de descendances (Sampoux et al, 2020).

Plus anciennement, j’ai conduit des travaux pour évaluer le progrès génétique obtenu chez le ray-grass anglais par le travail de sélection des obtenteurs pour la valeur en fourrage (Sampoux et al, 2011) et en gazon (Sampoux et al, 2013b). J’ai également coordonné un projet (Effilolium) pour évaluer l’intérêt de caractères écophysiologiques (indice de nutrition azotée, discrimination du ¹³C) comme critères de sélection du ray-grass anglais.

Coordination ou participation à des projets de recherche

GrassLandscape (coordinateur): Bridging landscape genomics and quantitative genetics for a regional adaptation of European grasslands to climate-change. Appel à projets FACCE-JPI ERA-NET+ Climate Smart Agriculture, 2015-2019, https://www.faccejpi.com/Research-Themes-and-Achievements/Climate-Change-Adaptation/ERA-NET-Plus-on-Climate-Smart-Agriculture/Grasslandscape et https://project-wheel.faccejpi.net/grasslandscape

ImprovLoliumCol (coordinateur): Facilitating use on the European perennial ryegrass collection - Improving access to genetic resources and C&E data. ECPGR Sixth Activity Grant Scheme, 2018-2021. https://www.ecpgr.cgiar.org/working-groups/forages/improvloliumcol

ColNat_Fourrage+ (coordinateur) : Sauvegarde et caractérisation de collections fourragères. Appel à projets ‘Soutien aux ressources maintenues in situ et aux collections’ du Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA) et du Groupement National Interprofessionnel des Semences et des plants (GNIS), 2019-2021.

Praise: Amélioration génétique des prairies semées face aux aléas climatiques - valorisation de la diversité. Appel à projets ANR Bio-Adapt, 2014-2017. Responsable du WP3 ‘Méthodologie de la sélection pour des mélanges d’espèces’.

Climagie : Analysis and valorisation of intra- and inter-specific agro-ecological strategies to adapt grassland communities to climate change : plant breeding and ecological intensification, Projet du métaprogramme INRA ACCAF (Adaptation au changement climatique de l’agriculture et de la forêt), 2012-2015.

Aglaé : Les Associations Graminées - Légumineuses fourragères : la diversité génétique pour Accroître les services Écosystémiques permis par les prairies. Appel à projets de recherche CTPS, 2012-2014

Effilolium (coordinateur): Efficacité du prélèvement de l’azote et efficience photosynthétique en conditions de production fourragère chez le ray-grass anglais (Lolium perenne L.) : recherche de critères d’évaluation et exploration de la diversité disponible. Appel à projets de recherche CTPS, 2011-2013

Diversité locale du ray-grass anglais (coordinateur) : Etude du maintien de la diversité spontanée intra-spécifique des espèces prairiales semées dans les paysages à forte activité d’agriculture-élevage. Appel à projet Bureau des Ressources génétiques, 2007-2009.

Responsabilités diverses

Responsable du Centre de Ressources Génétiques des espèces fourragères et à gazon hébergé par l’UR P³F /Ressources-et-Services/Centre-de-Ressources-Genetiques et http://florilege.arcad-project.org/fr/crb/especes-fourrageres/crb-especes-fourrageres

Représentant du réseau national ressources génétiques des espèces fourragères et à gazon dans le groupe de travail espèces fourragères du réseau européen d’échange de ressources génétiques ECPGR (https://www.ecpgr.cgiar.org/working-groups/forages)

Membre de la section Plantes Fourragères et à Gazon du CTPS.

Expert CTPS gazon et mélanges de préservation de l’environnement naturel.

Président de la commission d’agrément de l'ACVF (Association des Créateurs de Variétés Fourragères).